Ông được sinh ra với tên là Ernest Evan Thompson tại South Shields, Quận Durham (hiện nay là một phần của South Tyneside, Tyne và Wear), Anh Quốc và gia đình ông di cư đến Canada năm 1866. Khi còn nhỏ, ông rút vào rừng để vẽ và nghiên cứu loài vật như một cách để tránh sự ngược đãi hành hạ của người cha. Ông giành được học bổng về hội họa của Học viện Hoàng gia (Royal Academy) tại London, Anh.[1]

Sau đó ông từ bỏ cha mình và đổi tên thành Ernest Thompson Seton. Ông tin rằng Seton là một cái họ quan trọng trong dòng họ bên nội của mình. Ông dần trở nên đặc biệt ham thích chó sói khi là một nhà tự nhiên học cho bang Manitoba. Ông trở thành một nhà văn, họa sĩ và nhà tự nhiên học thành công, sau đó ông chuyển đến sống tại Thành phố New York để tiến thân. Seton sau đó sống ở Wyndygoul trong một bất động sản mà ông xây tại Cos Cob, Connecticut, một phần của Greenwich, Connecticut. Sau khi bị nhóm thiếu niên phá phách, Seton mời họ đến bất động sản của ông trong một dịp cuối tuần để ông kể chuyện về người bản thổ Mỹ và về thiên nhiên.[2]

Ông thành lập Woodcraft Indians năm 1902 và mời các thiếu niên địa phương gia nhập. Các câu chuyện trở thành một loạt bài báo được đăng trên Ladies Home Journal và dần dần được sưu tập thành The Birch Bark Roll of the Woodcraft Indians (Văn bản Võ cây Birch của người bản thổ Mỹ thạo kỹ năng rừng) năm 1906.

Ông kết hôn hai lần. Lần đầu tiên là với Grace Gallatin năm 1896. Người con gái duy nhất của họ là Ann sinh năm 1904 và mất năm 1990. Ann, sau đó đổi tên và trở thành một tác giả tiểu thuyết về lịch sử và tiểu sử có sách bán chạy nhất với bút danh là Anya Seton. Ernest và Grace li dị năm 1935, và Ernest lập gia đình với Julia M. Buttree. Julia viết sách và cũng viết cùng Ernest. Ho không có con cái nhưng có xin một người con nuôi lúc nhỏ là Beulah (Dee) Seton (sau đó là Dee Seton Barber), năm 1938. Dee Seton Barber mất năm 2006.

Seton được trao Huy chương Daniel Giraud Elliot của Viện hàn lâm Khoa học quốc gia Hoa Kỳ năm 1928.[3]